Ευβοέας κληρικός, αρχιμανδρίτης. Έλαβε ενεργό μέρος στην Ελληνική επανάσταση του '21 στην Εύβοια την Αττική και το Μεσολόγγι.

Μετά το τέλος της Επανάστασης συνέγραψε και ιστορία του αγώνα για την απελευθέρωσής, με το τίτλο «Ευβοϊκά». Στο βιβλίο αυτό εξιστορούνται 4 χρόνια πολέμου στην Εύβοια (1821-1824) και περιγράφονται οι αγώνες και τα παθήματα των Ευβοέων, οι καταδιώξεις και οι λεηλασίες, οι σφαγές και αιχμαλωσίες που υπέστη ο πληθυσμός από τους Τούρκους.

Πεθαίνοντας (1890), ο Ιωάννου Ναθαναήλ άφησε ολόκληρη τη βιβλιοθήκη του στην Ιερατική σχολή της Χαλκίδας. Μεγάλος αριθμός των βιβλίων αυτών διασώζεται στη Δημόσια Κεντρική Βιβλιοθήκη της Χαλκίδας.